Uz doto brīdi Rēzeknes 3.pamatskola realizē 5 izglītības programmas:
| Programmas nosaukums | Kods | Licences Nr. |
| Pamatizglītības programma | 21011111 | V_6312 |
| Speciālās pamatizglītības programma izglītojamajiem ar mācīšanās traucējumiem | 21015611 | V_6416 |
| Speciālās pamatizglītības programma izglītojamajiem ar valodas traucējumiem | 21015511 | V_6415 |
| Pamatizglītības mazākumtautību programma | 21011121
(2.modelis) |
V-3157 |
| Speciālās pamatizglītības mazākumtautību programma izglītojamiem ar mācīšanās traucējumiem | 21015621 |